Цель исследования — оценить возможности и эффективность использования современных молекулярно-генетических технологий в определении источника инфицирования и установлении причинно-следственных связей в эпидемическом очаге ВИЧ-инфекции.
Материалы и методы. Проведено генотипирование 2 образцов плазмы крови от ВИЧ-позитивных лиц исследуемой группы и 18 образцов — от инфицированных пациентов группы сравнения. В работе использовано также 13 генетически близких нуклеотидных последовательностей генома ВИЧ из международной базы GenBank.
Генотипирование выполнялось на генетических анализаторах ABI Prism 3100 и ABI 3500XL (Applied Biosystems, США) с использованием тест-системы ViroSeq HIV-1 (Abbott, США) и «АмплиСенс HIV-Resist-Seq» (ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия). Субтипирование выполнено онлайн в программах COMET HIV-1/2 and HCV и REGA HIV-1 Subtyping Tool v. 3.0. Филогенетический анализ и расчет генетической дистанции осуществляли с помощью программы MEGA 5.2, статистического метода Maximum Likelihood analysis и модели Kimura (bootstrap level 1000).
Результаты. Генетическое типирование установило, что изучаемые вирусные изоляты относятся к субтипу А (А6) ВИЧ-1. Проведенный филогенетический анализ показал, что образцы исследуемой группы не собираются в отдельный кластер, для каждого из них обнаружены генетически близкие образцы из группы сравнения. Дистанция между нуклеотидными последовательностями двух образцов исследуемой группы составила 0,050; между нуклеотидными последовательностями двух образцов исследуемой группы и образцов группы сравнения (с учетом данных базы GenBank) варьировала от 0,007 до 0,058 (в среднем — 0,032). Установлено, что дистанция, равная 0,007, между нуклеотидными последовательностями образца №1048 исследуемой группы и образца №1051 из группы сравнения свидетельствует о высокой степени их генетической близости, подтверждая наличие эпидемиологической связи между ними.
Заключение. Результаты молекулярно-генетической экспертизы не подтвердили генетического родства между образцами исследуемой группы. Полученные результаты явились основанием для отказа в постановке диагноза профессионального инфицирования ВИЧ.
Применение современных технологий в мониторинге ВИЧ-инфекции показало их практическую значимость и эффективность.
Peksheva О.Yu., Parfenova О.V., Skachkov N.М., Zaitseva N.N. HIV Genotyping and Phylogenetic Analysis in the System of Virological Monitoring of HIV Infection.
Sovremennye tehnologii v medicine
2019; 11(4):
146,
https://doi.org/10.17691/stm2019.11.4.17
